在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即的某一天，上条当麻和茵蒂克丝与一位无能力者（lv0）少女鸣护艾丽莎相遇了。

茵蒂克丝与艾丽莎两人因为“旺盛的食欲”这样谜一般的羁绊而意气相合起来，就在三人享受放学后的愉快时光之时，带着魔术师的史提尔突然发动了袭击。而本次袭击的目标正是艾丽莎。为何身为科学世界的艾丽莎会被魔法世界的人追击？因为受到了魔法世界的强烈攻势，学园都市一侧的莎特奥拉率领着秩序维护部队开始了行动。

上条与茵蒂克丝还有艾丽莎他们因被卷入这样的状况而极度混乱迷茫，史提尔对他们这样说道：“那里的她，将会引发魔法世界跟科学世界之间的战争。”

在科学与魔术魔法交汇之时，以“恩底弥翁”为舞台的故事开始了！

在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”中，学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者、低能力者、异能力者、强能力者、大能力者和超能力者。故事从学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和白井黑子一样担任风纪委员的初春饰利开始……

超过一百八十万名学生齐聚一堂，接受超能力开发课程的“学园都市”。位居都市的顶点，学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和黑子一样担任“风纪委员”的初春饰利，以及初春的好朋友佐天泪子。意气相投的四人，一同快乐享受着放学后的这段时光，然而初春却发现面前的银行有异状……

美琴邀请初春与佐天到宿舍房间玩，不过这天是黑子和美琴成为室友的满月纪念日，擅自想要和美琴单独庆祝这一天的黑子自然不是滋味。即使黑子努力表露心意，也因为自己的某项企图被发现，演变成一场壮烈的超能力大战。察觉骚动而前来处理的舍监，不只将两人严格训斥一顿，还命令她们打扫游泳池作为处分……

在美琴与黑子的邀请之下，初春和佐天来到了“学舍之园”。与其他学区截然不同的独特风景使得两人雀跃不已，然而就在众人来到蛋糕店准备享受精美餐点时，“风纪委员”却忽然连络初春，要她协助调查常盤台中学学生连续遇袭的案件。另一方面，独自前往洗手间的佐天，遭受到不明人物的袭击……